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第3章 主动

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例会结束后的实验室,恢复了惯有的、带着轻微器械嗡鸣的寂静。几个研究生还沉浸在刚才会议讨论的兴奋中,围着白板争论一个算法细节。顾屿没有参与,他坐回自己的实验台前,打开了刚才会议上记录要点的黑色笔记本。

指尖翻过几页,落在最新一页的末尾。那上面除了几个技术关键词,还有一行空白。

杨清渝的邮箱地址。刚才散会时,林总的助理分发了一份简单的联络表。她的邮箱就在上面,一个以她姓名拼音和公司后缀组成的、毫无特色的工作邮箱。

他的目光在那串字符上停留了几秒,然后移开,打开电脑。收件箱里已经有几封新邮件,有期刊的更新提醒,有试剂公司的促销广告,还有一封导师转发过来的、关于某个国际会议的征文通知。

没有来自诺华生物的邮件。

鼠标光标悬在邮箱界面上,片刻后,他点开了撰写新邮件的窗口。收件人栏空着。主题栏也空着。正文更是大片空白。

他的手指放在键盘上,却迟迟没有落下。

主动。

这个词带着一种陌生的、近乎莽撞的重量。在他的处事逻辑里,主动往往意味着打破既定的流程,引入不必要的变量,增加结果的不确定性。在科研中,主动探索是美德;但在人际关系,尤其是在处理眼前这团明显超出他既有经验范畴的、名为“杨清渝”的复杂变量时,主动更像是一场没有预设实验方案、不知反应终点的冒险。

他回想起刚才会议上她平静无波的眼神,客套疏离的笑容,还有那句轻飘飘的“记不清了”。

心脏的位置,再次传来那种细微却清晰的、被冰刃划过的钝痛。

他闭了闭眼。

再睁开时,手指开始敲击键盘。速度不快,每一个词都像是在脑海中经过了一番精馏。

收件人:杨清渝

主题:关于数据对接初步计划

杨专员,您好。

打完称呼,他停顿了一下。这个称呼在舌尖滚过,带着公事公办的冷硬。他删掉“专员”,换成“女士”。又觉得过于正式而生分。最终还是换回了“杨专员”。

我是顾屿。就今日会议讨论的数据对接事宜,初步整理以下思路,请审阅。

接着,他以近乎书写实验方案的严谨,罗列了数据预处理的可能方案、格式转换的脚本框架、以及建议的初次数据交换时间点。逻辑清晰,条分缕析,没有任何多余的废话,也没有任何超出会议讨论范围的内容。甚至在邮件的最后,附上了两个可能用到的公开数据校验工具的链接。

检查了一遍错别字和措辞,确认没有任何会泄露私人情绪的表达,他点击了发送。

邮件瞬间显示发送成功。

顾屿靠在椅背上,看着屏幕上“邮件已发送”的提示。实验室的日光灯管在他头顶发出均匀的、令人困倦的嗡鸣。他忽然觉得有些疲惫,一种深入骨髓的、无法通过休息缓解的疲惫。这种疲惫感,在过去的七年里,偶尔会在深夜独自面对海量数据或棘手难题时悄然浮现,但从未像此刻这样,伴随着如此清晰的、针扎般的刺痛感。

他想起很久以前,也是在这间实验室或许是更早的本科实验室,杨清渝曾半开玩笑地对他说:“顾屿,你这个人啊,就像你做的那些晶体,长得是挺完美,但总觉得……太‘规则’了,少了点活气儿。”当时他正专注地调整着结晶皿的温度,闻言只是抬眼看了看她,没说话。她也不在意,自顾自地笑着说:“不过呢,我就喜欢这种规规矩矩的。让人安心。”

让人安心。

现在,他的“规矩”和“安心”,在她那里,大概已经一文不值,甚至变成了一种需要被客气疏离、乃至彻底遗忘的东西。

电脑右下角弹出了新邮件的提示。

顾屿的心跳,不受控制地快了一拍。他移动鼠标,点开。

不是诺华。是另一封学术通讯。

他盯着那封无关紧要的邮件标题看了几秒,然后移开视线,重新将注意力放回面前的实验记录本上。本子上记录着今天需要完成的一组平行实验,参数已经设置好,只等开机。

他起身,走向细胞培养间。

接下来的几个小时,他强迫自己沉浸在具体而微的实验操作中:调配培养基、检查细胞状态、更换培养液、设定PCR程序……每一个步骤都精确无误,如同精密的仪器。只有他自己知道,在等待离心机运行、或观察显微镜下细胞形态的间隙,他的思绪会不受控制地飘向那个灰色的、没有回音的工作邮箱。

直到下午四点多,手机在实验服口袋里震动起来。

不是邮件,是电话。一个本地的陌生号码。

顾屿看着屏幕上跳动的数字,心头那根一直紧绷的弦,骤然被拨动了一下。他摘下手套,走到相对安静的走廊窗边,接起。

“喂,您好。”他的声音平稳。

电话那头安静了一瞬,随即响起一个声音。比记忆中低沉了些,比上午会议室里听到的,少了那份刻意拉开的职业距离感,但也算不上多么热络。

“顾屿,是我,杨清渝。”

她的声音透过电波传来,带着一点轻微的、像是信号干扰般的沙沙声,却异常清晰地敲击着他的耳膜。

顾屿握紧了手机。窗玻璃映出他没什么表情的脸,只有眼神微微凝住。

“杨专员。”他回应,语气是刻意的平淡。

电话那头似乎传来一声几不可闻的呼气声,很轻,快得像是错觉。

“收到你的邮件了。”杨清渝的声音恢复了平稳,“方案很详细,效率很高。有几个小细节,想跟你电话沟通一下,比邮件来回方便。现在方便吗?”

“方便。你说。”顾屿侧过身,背对着走廊偶尔经过的人影。

“好的。第一个是关于FPKM归一化后的批次效应校正。你建议用ComBat-seq,我们之前在一些小样本量的项目里用过,效果不错。但这次数据量预估比较大,我有点担心它的计算效率和在大样本下的过校正问题。不知道你们这边有没有考虑过使用更稳健的、基于负二项分布的方法?比如DESeq2内建的归一化流程。”

她的语速比在会议上快一些,问题直接切入技术核心,显示出她对业务领域的熟悉和专业性。这不再是那个需要他解释基础化学原理的杨清渝。

“考虑过。”顾屿回答,思路迅速跟上,“DESeq2的归一化在差异表达分析中很稳健,但我们的数据后续除了差异分析,还可能涉及共表达网络构建和通路富集,FPKM或TPM在跨样本比较时更通用。不过,你提出的过校正问题确实存在。可以这样,我们先在随机抽取的子数据集上,用ComBat-seq和DESeq2的RLE归一化分别做一次,比较一下批次效应去除效果和基因表达量分布的保持情况,再决定最终方案。”

“可以。这个方法更稳妥。”杨清渝似乎对这个提议表示赞同,语气里透出一丝干脆,“第二个问题,是关于数据交换的加密协议。邮件里提到的GnuPG对称加密,足够安全,但密钥分发和管理在后续频繁交换中可能有点繁琐。我们这边目前在一些对实时性要求不高的内部项目里,开始试用一种基于云存储临时链接的方案,配合一次性密码和访问日志监控。如果你这边IT支持允许,或许可以评估一下这种方式的可行性,可能更便捷。”

“好。我需要了解一下我们学校网络中心的政策。稍后给你答复。”

“不急。”杨清渝顿了一下,似乎在翻看什么,“最后一个,是时间点。你建议下周三进行第一次测试数据交换。我们这边项目排期有点紧,如果方便的话,能否提前到周一?这样万一有问题,周转时间也充裕些。”

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